HNMKY:llä on kolme toimintakeskusta. Nämä ovat Laakavuoressa, Pakilassa ja Pukinmäessä. Toimintakeskukset tarjoavat alueellaan iltapäiväkerhotoimintaa, kerhoja, joukkuetoimintaa, kesäleirejä sekä perheille yhteisiä harrastusmahdollisuuksia. Iltapäiväkerhon päivä koostuu ohjaajan läsnä ollessa läksyjen teosta, lepäilystä ja vapaasta harrastustoiminnasta, joiden ohessa tarjotaan välipalaa.
Pakilassa toimintaansa järjestävät myös partiolaiset, HNMKY:n päihdekasvatus, ENN sekä isä-lapsitoiminta ja alueen vapaaehtoiset. Talon tiloja vuokrataan myös ulkopuolisille mm. syntymäpäiväjuhlia, kokouksia, koulutustilaisuuksia ja muita tapahtumia varten.
Pukinmäessä nuorisotalotyö on edelleen suurin työmuoto. Pukinmäen NMKY:n toimintakeskus Pukinmäessä myös yhteistyö etenkin paikallisen MLL -yhdistyksen kanssa on todella tiivistä.
Laakavuoressa puolestaan NMKY ja Kansallinen lastenliitto- Helsingin piirijärjestö ry toimivat rinnan. Osapuolet vastaavat toiminnasta Nuorisoasiainkeskuksen myöntämällä tuella.
Näiden toimintakeskusten lisäksi toiminnassa ovat paikalliset NMKY:t Kulosaaressa ja Lauttasaaressa. Sen sijaan Santahaminan ja Viikin NMKY:n paikallisyhdistykset ovat edelleen syksyn 2008 priorisoinnin jälkeen ”reservissä”.
